登録対抗制度について、登録を必要とせず、自ら通常実施権の存在を立証すれば第三者に対抗できる「当然対抗制度」を導入すべきとしています。また、現行の専用実施権や独占的通常実施権では不十分ということから、新たな独占的ライセンス制度の整備に向けた検討を求めています。特許を受ける権利を目的とする質権設定は禁止されていますが、この規制も解禁すべきとしています。
特許の有効性に関する判断が「無効審判」と「特許権侵害訴訟」の2つのルートで行なわれ得るという「ダブルトラック」で、判断齟齬が生じ得る、非効率といった問題が指摘されていますが、運用の改善を図りつつ両ルートの利用を許容すべき、という判断が示されています。また、侵害訴訟の判決確定後の無効審判等による再審の取扱いについて、現状では様々な問題が発生しているため、制度的な手当てをするべきだといった指摘がなされています。
差止請求権のありかたについて多面的な検討を行なうこと、特許権や実用新案権の設定登録後にそれらの移転請求を認める制度を導入すること、などを求めています。
特許法条約(PLT)に準拠した救済手続きを導入すること、大学・研究者等も出願手続きがしやすいようにすること、特許料金を見直し、中小企業に対する減免制度を拡充するなどして利便性を高めること、などが打ち出されています。寄せられた意見をふまえ、特許庁は特許法の改正案を次の通常国会に提出する予定です。